O protagonista da história é o pirata Edward Kenway, o avô de Connor (protagonista de Assassin's Creed III).

Após entrar na Ordem Dos Assassinos, Edward se torna muito conhecido e extremamente respeitado até mesmo pelo temível Barba Negra.

A grande novidade do game é a base marítima, ou seja, grande parte do tempo de jogo é relacionada à aventuras no mar, com piratas e a marinha. O novo protagonista não se preocupa muito com as outras pessoas, mas tem um cuidado muito especial por seu navio, tanto que é possível fazer modificações nele com o decorrer do game.

Somando as ilhas que podem ser visitadas (tais como Jamaica, Cuba) totaliza-se cerca de 50 locais que podem ser visitados em um gigante mundo aberto. Os locais não estarão "alcançáveis" logo no início, serão necessárias melhorias do navio Para realizar viagens mais distantes.